在美國(guó)管理時(shí)期，運(yùn)河通行費(fèi)的費(fèi)率是按維護(hù)和營(yíng)運(yùn)的成本計(jì)算的，因而運(yùn)河的經(jīng)費(fèi)是自籌的。每次通行收取的費(fèi)用根據(jù)船舶裝貨或載客的容量計(jì)算。1914年設(shè)定的費(fèi)率實(shí)際上一直沒(méi)變，持續(xù)60年之久。1973年運(yùn)河的經(jīng)營(yíng)第一次虧損，1974年第一次調(diào)高幾項(xiàng)費(fèi)率。

傳統(tǒng)上，貨物都裝在甲板之下，通行費(fèi)是按倉(cāng)內(nèi)所載貨物計(jì)算。然而，由于船 舶設(shè)計(jì)的改變，以及廣泛以貨柜運(yùn)送貨物，所以一大部分裝載貨物是在甲板上。通過(guò)運(yùn)河的貨柜貨物量?jī)H次于谷物和石油產(chǎn)品的裝運(yùn)。這些變化導(dǎo)致計(jì)量規(guī)則的改變 和制定甲板上貨柜箱容量通行費(fèi)的估定辦法。在巴拿馬運(yùn)河委員會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)下，巴拿馬運(yùn)河管理局批準(zhǔn)了在計(jì)量規(guī)章上的類(lèi)似改變，并在運(yùn)河移交之后仍然保持美國(guó)管 理時(shí)期的通行費(fèi)費(fèi)率。

從收取的通行費(fèi)中，巴拿馬運(yùn)河管理局必須繳納給巴拿馬國(guó)庫(kù)年度稅費(fèi)。在繳納年度稅費(fèi)并付出運(yùn)河的營(yíng)運(yùn)與維護(hù)開(kāi)支后，所有的盈余也都全部上繳國(guó)庫(kù)。